La recherche à l'IFEA se structure autour de trois pôles interdisciplinaires dans lesquels s'inscrivent les différents programmes menés par les chercheurs.<br />
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<li>Le pôle Archéologie, dont la coordination scientifique est assurée par Olivier Henry</li>
<li>Le pôle d'Études d'Histoire ottomane et turque dont la coordination scientifique est assurée par Işık Tamdoğan</li>
<li>Le pôle d'Études contemporaines dont la coordination scientifique est assurée par Élise Massicard</li>
</ul>
Trois observatoires, dédiés aux problématiques contemporaines, sont rattachés au pôle correspondant : l'Observatoire Urbain d'Istanbul, l'Observatoire de la Vie Politique Turque et l'Observatoire du Caucase